A második viláháború utáni újjáépítés során egy bajai amatõrcsillagászban, Borbás Mihályban született meg az ötlet, hogy létre kellene hozni egy vidéki csillagászati kutatóintézetet. 

Egy évtizednyi céltudatos szervezõmunkával 1966 január 1-jétõl a Magyar Tudományos Akadémiához csatolt kutatóintézetté fejlõdött az intézmény. Programja Dr. Ill Márton vezetésével a felsõlégkör kutatása volt.  

Az MTA 1987. augusztus 1-jén aláírt megállapodással átadta Baja városának a Tóth Kálmán utcai intézetet, így az ismeretterjesztési és kutatási tevékenység kettévált: a kutatóintézet kiköltözött a Szegedi úti új telephelyre, amely Baja centrumától 6 km keletre találhatól.

After World War II during rebuilding of our country, Mihály Borbás, an amatour astronomer, wanted to establish an institute for research for astronomy in Baja. "Baja Public Observatory" was opened Dec. 18, 1955 as initial step. Since Jan. 1, 1966 it had been connected to Hungarian Academy of Sciences. Its program was research of the upper atmosphere with direction Dr. Márton Ill. 

But Hungarian Academy of Sciences handed over this observatory to Local Government of Baja Aug. 1, 1987, therefore the activity of this isnstitute had been separate to educational work and scientific research. The institute for research for astronomy moved out to periphery of Baja. The program was changed gradually into astrophysics of eclipsing binary systems.